Если нельзя иметь две трудовой книжки то получается нельзя иметь еще и две медицинской книжки наверно? Или все таки можно?

нет нельзя. такие документ у одном экземпляре

Наличие двух трудовых книжек не противоречит закону, но при обращении в ПФР за оформлением пенсии вам придется отдать только одну книжку. Так же и с мед. книжкой, сколько хотите столько и имеете.