Да. Вы можете направить исковое заявление в суд заказным письмом.
Можно подать и заказным письмом. Только внимательно проверяйте соблюдение требований к исковому заявлению (ст.131 ГПК РФ), а то могут вернуть.
Дата подачи иска считается в этом случае момент поступления иска на почту или в суд?
Датой подачи будет дата поступления в суд.