Обязан ли работодатель выдавать работнику гражданско-правовой договор, и может ли его отсутствие быть нарушением?

Не прав Ваш юрист. Да обязан. Нарушение на лицо

если он является стороной по договору,то договор заключается в двух экземплярах для каждой из сторон

Грубейшее нарушение. Только в двух экземплярах!!! Задумайтесь с какой целью Вам не выдали Ваш экземпляр. Не честная компания! Остерегайтесь!

Начальник юр.отдела прав только в том, что гражданско-правовой договор не является трудовым (а что бы это понять нужно знать содержание договора, а не только его название),

Ну и конечно, раз договор составляется то у всех сторон должно быть по одному экз-ру,иначе зачем его составляли?!