Как выписать маму из квартиры, находящейся в другом месте, если я являюсь собственником уже 3 года?

Мама может прописаться по фактическому месту проживания, из Вашей квартиры ее выпишут автоматически.

надо обратиться в суд с иском о признании мамы утратившей права пользования жилым помещением;

после чего суд выдаст вас решение, которое вы представите в паспортный стол для снятия мамы с регучета