Добрый день.
Период работы по трудовому договору входит в стаж для назначения пенсии. В случае совпадения по времени нескольких периодов (в том числе, при наличии основной работы и работы по совместительству) при исчислении страхового стажа учитывается один из таких периодов по выбору лица, обратившегося за установлением пенсии (ст. 12 Закона от 17 декабря 2001 г. № 173-ФЗ). Следовательно, при работе на основном месте и по совместительству будет учитываться стаж по одному из мест работы (по выбору сотрудника). После увольнения с основной работы в стаж для назначения пенсии будет включаться период работы на оставшемся месте работы.
Имейте ввиду, что работа по совместительству имеет место только при наличии основной работы. При увольнении с основной работы работа по совместительству становится основной работой. Преобразование совместительства в основную работу не происходит автоматически. Это нужно оформить, чтобы в дальнейшем избежать проблем.