Зарегистрировать ип вы должны в ИФНС по месту регистрации (прописки) а работать можете на всей территории России, только предварительно встаньте на учет в ИФНС того района, где будете вести деятельность
Нет. Но: если Вы свою деятельность будете осуществлять в Москве, например, на основании патентной системы н/обложения, то патент нужно "брать" в Московской ИФНС,