Здравствуйте. Можно. Оспаривание зарегистрированного права на недвижимое имущество осуществляется путем предъявления исков, решения по которым являются основанием для внесения записи в ЕГРН. Об этом есть очень хорошее Постановление Пленума № 10/22 от 29 апреля 2010 г.. Ответчиком по иску, направленному на оспаривание зарегистрированного права или обременения, является лицо, за которым зарегистрировано спорное право или обременение. Управление Росреестра привлекаете в качестве 3-го лица.
Я оплатил покупку комнаты в коммунальной квартире а получил долю, вторая доля досталась соседу (ДГИ г Москвы мотивировал тем что он (сосед) тоже хочет)
Для точного ответа необходимо изучить все документы.
Исходя же из Вашего вопроса и предоставленной Вами информации оспаривать нужно действия Росреестра, который при предоставлении документов на комнату зарегистрировал право на долю (такого в принципе быть не должно). Иск предъявляется либо по мету Вашего жительства, либо по месту нахождения регистрирующего органа в районный суд.