Людмила, да, списываются.
То есть в рамках процедуры банкротства списываются долги, в том числе по пени при отсутствии оснований, предусмотренных п.4 и 5 ст.213.28 Федерального закона от 26 октября 2002 г. N 127-ФЗ "О несостоятельности (банкротстве)"