Скажите, пожалуйста, может ли самозанятый гражданин РФ быть назначен генеральным директором ООО?

Здравствуйте! Может.

Конечно может =налоги платятся только с каждого дохода отдельно.

Да, может быть назначен гендиректором, запрета нет.

Добрый день. Закон не содержит запрета, ограничения могут быть предусмотрены учредительными или внутренними документами Общества.