Если продавец квартиры станет банкротом, то сделка будет считаться недействительной, как обезопасить себя при покупке квартиры?

Не покупайте квартиру по заниженной цене, проводите хотя бы минимальный due dilligence и все скорее всего будет нормально.

Нет не будет, банкротство продавца не влияет на сделку. Вы являетесь в любом случае добросовестным приобретателем и проблемы продавца и его статус на вас не влияет. Главное покупайте ее по рыночной стоимости, которую отражайте в договоре купли-продажи, чтобы не было никаких подозрительных моментов при проверке указанной сделки кем либо.