У меня находится пай в аренде. В этом году мне выплатили меньше зерна чем в договоре. Имеет арендатор на это право.

У арендодателя нет такого права. В соответствии со ст. 309 ГК РФ обязательства должны исполняться надлежащим образом в соответствии с условиями обязательства.

Все вопросы должны регулироваться Договором. Посмотрите условия выплаты пая и права арендатора. Возможно там оговаривается изменение размера пая в связи с неурожаем.

Условия, размер, срок, а также порядок определения арендной платы устанавливаются условиями договора.

Для корректного ответа и оценки правомерности действий Арендатора необходимо обозрение договора.