Правомерно ли лишение годовой премии из за отказа прививки от гриппа в связи с беременностью?

Нет, если такое основание указано в приказе о лишении премии, можете смело его обжаловать.

Выплата премии осуществляется исключительно на усмотрение руководства организации;

Но я бы не спешил делать то что советует коллега Марина Анатольевна. Порядок премиального поощрения отражен в коллективном договоре или других нормативных актах. Поэтому в начале необходимо заглянуть туда так как несмотря на абсурдность этот момент может там отражен. Но если прививка не может быть поставлена по каким либо объективным обстоятельствам то премия должна быть выплачена. И лучше прочитайте на сайте 9111 " Лишили премии " от 21.01.2019 г там говорится о том как оспорить решение о невыплате премии.