Работник табелируется в табеле соответствующей отметкой командировки, а заработок начислять необходимо по среднему заработку работника. Сутки через трое или пятидневная рабочая неделя - не имеет значения.
Никакого значения не имеет по какому графику вы работаете. Оплата производится по среднему заработку. Средний заработок рассчитывается по выплатам за 12 месяцев, предшествующих месяцу отправления в командировку. Ст. 139 Тк РФ.