Являются ли зарплатные ведомости доказательством чёрной зарплаты?

Да, являются, если в них есть данные о начисленной и выданной заработной платы, росписи работников в получении заработной платы. В организациях существуют ведомости начисления заработной платы и ведомости на выдачу заработной платы. Иногда в организациях совмещают ведомости начисления и ведомости выплаты. Что вы имеете ввиду под вопросом "зарплатные ведомости"?

Если речь идет о судебном споре, то любые документы могут являться письменными доказательствами, в том числе и зарплатые ведомости.