Кто МОЖЕТ быть ответчиком я и сама знаю, это указано в вопросе. Документов, подтверждающих объединение нет, перепланировка не производилась. Вот дали две квартиры, а юридически она одна. И договор о приватизации зарегистрирован в соответствии с действующим на тот момент законодательством.

А подавать иск в районный суд?

Причём здесь администрация? Тогда уж Департамент городского имущества (преемник Департамента муниципального жилья, который регистрировал договор передачи жилого помещения в то время). Собственность-то моя сохранится?