Добрый день! Вопрос спорный и неоднозначный. Правильно поступит тот работодатель, который уведомит работника о сокращении совмещаемой должности за два месяца (в соответствии с требованиями ст. 74 ТК РФ). Особенно, если условия оплаты за совмещение указаны в трудовом договоре работника (дополнении к трудовому договору), поскольку тогда получается, что условия трудового договора меняются. С другой стороны, работодатель вправе в любой момент исключить вакантную должность из штатного расписания, и это не будет являться "причиной, связанной с изменением организационных или технологических условий труда" т.е. ст. 74 ТК РФ формально применена быть не может. Однако следует учитывать, что при возникшем споре и прокуратура и гострудинспекция почти наверняка станет в этом вопросе на сторону работника. Поэтому - первый вариант.
Удачи.