«ООО и ИП заключили договор на выполнение работ - Физлицо в реквизитах счета на оплату – правильно ли это?»

да, это правильно. ИП не является юридическим лицом, а потому иметь свой банковский счёт вправе, но не обязан. Кроме того, ИП вправе действовать и без наличия своей печати. Совокупностью доказательства по выполнению обязанности по договору, а именно оплату договорной работы (услуги), является в том числе и счёт на оплату работы (услуги). Поскольку счёт подписан стороной по договору с указанием реквизитов получателя, то данная оплата является законной, если иной порядок расчётов не был указан в договоре на выполнение работ.