Можно вернуть 13% от покупки жилья если оно приобретено по сертификату.

Нет, поскольку налоговый вычет предоставляется гражданам в связи с тратой своих личных средств на покупку жилья, а Вы приобрели жилье по сертификату и следовательно свои средства не затратили.

Однако если жилье приобретено частично по сертификату, а частично на свои личные сбережения, Вы вправе подать в налоговые органы по месту жительства налоговую декларацию о доходах и заявление о предоставление налогового вычета именно на сумму потраченных личных сбережений