Оплачивают ли часы на работе для прохождения ежегодной медицинской комиссии?

Должны оплачивать.

ст. 185 ТК РФ.

На время прохождения медицинского осмотра за работниками, обязанными в соответствии с настоящим Кодексом проходить такой осмотр, сохраняется средний заработок по месту работы.

ТК РФ, Статья 185. Гарантии работникам, направляемым на медицинский осмотр

На время прохождения медицинского осмотра за работниками, обязанными в соответствии с настоящим Кодексом проходить такой осмотр, сохраняется средний заработок по месту работы.