На материнский капитал можно купить часть двухкомнатной квартиры, если вы являетесь собственником другой части либо если доли в квартире выделены (т.е. по документам за каждым собственников закреплена какая-то комната(ы), а также имеются помещения общего пользования (кухня, с/у и т.п.)).