Уважаемая Алёна,
ответственность за всё, что делает ООО, несёт генеральный директор (руководитель) предприятия, а следовательно ответственность за взятые кредиты, не выполненные обязательства, неоплаченные налоги и зарплаты, несёт именно он (административную, уголовную, гражданскую).