Вопрос такой: после реконструкции магазина затянул со сдачей объекта в эксплуатацию, с какими проблемами я могу столкнуться?

С предъявлением иска о взыскании неустойки (пеня, штраф), предусмотренной по договору. Если неустойка не указана, то то могут быть взысканы проценты по ст.395 ГК РФ за пользование чужими денежными средствами по ставке рефинансирования Банка России (8,25% годовых).