Или надо придти всем прописанным жильцам этой квартиры лично и подтвердить согласие на прописку жены к мужу.
Вы наверное не правильно оцениваете ситуацию, отказать на том основании,что жилье муниципальное - такого нет в природе. Скорее всего ВАм отказывают на том основании, что у Вас нет письменного согласия всех совершеннолетних членов семьи зарегистрированных на спорной жилой площади.
Если Вы не согласны с отказом администрации - получите пписьменный отказ и обжалуйте в суд.
А вопрос прописки можно решить таким образом: зарегистрировать например на какой-то срок- год, два, пять, как пожелаете 9именно прописать, а не временно) и заключить договор пользования (что в случае расторжения брака она будет выписываться). Если возникнут сложности, могу помочь в составлении. Еще как вариант, если проживающие в квартире бояться,что в случае расторжения брака не смогут её выписать, можно заключить брачный договор, и заверить у нотариуса, в котором указывается, что в случае расторжения брака в такой-то срок она обязана выписаться с данной жилой плорщади.