Если судом по амнистии наказание и судимость были отменены, будет ли этот факт отражен в справке о наличии судимости.

Да будет отражен.

Обвинительный приговор то не отменен.

В справке о судимости в любом случае будет указано , что привлекался, хотя если есть оправдательный приговор ,то это правовых последствий не имеет , а если был применен акт амнистии и человек освобожден от отбытия наказания по амнистии , то он в любом случае судим , и это будет отражено в справке о судимости