Я правильно поняла вопрос - Вы получили сумму, меньшую, чем написано в дговоре займа, а проценты платите с большей суммы?
Проценты должны начисляться на сумму фактически переданной займодацем денежной суммы. Если Вы располагаете доказательствами передачи и,соответственно, получения суммы займа в меньшем размере (например, расписка), то и начисляйте проценты на данную сумму. Надеюсь, речь идет действительно о договоре займа, а не о кредитном договоре? В качестве доказательств получения конкретной суммы могут быть использованы другие, кроме расписки, письменные доказательства (например, переписка), в принципе, свидетельские показания также могут быть приняты судом в расчет.
Если помимо договора отсутствуют письменные доказательства размера фактически переданной суммы - нельзя оспорить. Если имеются письменные доказательства фактически переданной суммы - проценты уплачиваются только исходя из нее.