Может ли учредитель оформить нотариальную доверенность на получение документов в гос. органах.

Да может... и нотариальную, и простую доверенность, заверенную организацией - это зависит от требований гос. органа.

В данном случае он действует как физическое лицо, обладающее полномочиями учредителя и действующее в интересах организации в качестве ее представителя.