Пока Вас не исключили из списков л/с части, Вы являетесь военнослужащим, следовательно обязаны выполнять в том числе общие обязанности, т.е. прибывать на службу.
Здравствуйте, Иван! Это действительно будет самоволкой. Однако Вы можете заболеть на время рассмотрения вашего рапорта. И таким образом можно уволиться по окончанию срока службы.