На двоих один из нас официально директор. Как выделить долю на второго партнера?

Если вы оба - учредители (участники), то ничего выделять не нужно, вы оба являетесь владельцами.

Если один из Вас учредитель (участник), то второго нужно включить в состав участников с долей в уставном капитале 50% (как пример).

Для этого нужно составить документы - решение и Заявление и передать на регистрацию в ИФНС.

После регистрации в ИФНС надо ли обращаться к нотариусу.