В договоре прописан пункт о возврате моего экземпляра договора, после подписания акта выполненных работ, это правомерно?

нет, второй экземпляра договора должны вам отдать после его подписания. Удачи.

Не правомерно. У каждой из сторон остается договор не зависимо от акта выполнения работ.