В какой суд обратиться индивидуальному предпринимателю с иском о взыскании оплаты за оказанные транспортные услуги предприятию.

в соответствии со ст.ст 27-28 АПК РФ определена подсудность дел подлежащих рассмотрению арбитражными судами.Вы как индивидуальный предприниматель подпадаете под действие этих статей.Пишите.Если вы истец ,то по месту регистрации юрлица,  вашего должника

Споры между субьектами предпринимательской деятельности решаются в арбитражных судах.Существует специальная статья в арбитражно процессуальном кодексе это статья 27 АПК РФ.Ваш случай прямо подпадает под эти определения.