С дохода от продажи той, которой владели более 5 лет, налог платить не будете (ст. 217 НК РФ). По другой у Вас есть право на вычет по ст. 220 НК РФ
Налог с продажи и налоговый вычет это совершенно разные вещи , они не являются взаимозачетными .
С продажи ,если более 3 лет собственность налога не будет ни какого независимо от продажной стоимости , с продажи квартиры , которая была в собственности менее 3 лет налог будет 13 % от продажной цены - 1 миллион рублей ; или по второму варианту налоговой отчетности :
продажная цена - средства затраченные Вами на приобретение данной квартиры полгода назад .
Налоговый вычет от стоимости приобретенной квартиры в размере до 2 миллионов рублей
ст. 220 НК РФ