Может ли учредитель назначить себя директором

Законом не запрещено.

Единственный учредитель ООО может назначить третье лицо на должность руководителя ООО. В вашем случае руководителем ООО является генеральный директор.

А генеральный директор уже может назначить учредителя на другую должность.

Разумеется, когда Вы будете подбирать кандидатуру на должность генерального директора Вы должны быть в нём уверены, что он возьмет Вас на должность руководителя проекта