Как закрыть ИП с долгами по пенсионному фонду через интернет?

Да, вы можете закрыть ИП с долгами, в том числе и по выплатам в пенсионный фонд. Этот долг все равно на вас останется. В отличие от организаций индивидуальный предприниматель отвечает по своим долгам (как перед государством, так и перед контрагентами) всем своим имуществом. Об этом сказано в статье 24 ГК РФ.