Какие инстанции могут проводить проверку в магазине по торговле дверями, и какие документы я обязан иметь в магазине?

Проверять могут Роспотребнадзор, ИФНС, прокуратура и иные органы.

и конечно пожарный надзор... документы по пожарной безопасности...инструкции, инструктажи, приказы, обучение...