Пишите жалобу в трудовую инспекцию.
Обратитесь с жалобой к работодателю, при отказе - в суд обратитесь в порядке ст. 392 ТК
Попробуйте оперируя соответствующими положениями трудового кодекса объяснить работодателю, что учет рабочего времени нужно поменять, если же Вам не удастся достучаться до него, тогда пишите в Трудовую инспекцию.