Есть справка, что помещение не числится так же на балансе Администрации.
Да, можно.
Только имейте ввиду, что у вас не истек срок приобретательской давности – 15 лет.
Кроме того, в этот срок засчитывается только когда лицо пользовалось де-факто открыто и непрерывно без других оснований (то есть в это время не было другого правового основания – договора аренды или он недействовал (в связи с ликвидацией предприятия).
Иск советую подавать не о признании имущества бесхозяйным и приобретении права собственности в силу приобретательской давности, а просто иск о признании права собственности в силу приобретательской давности.
Поскольку после признания вещи бесхозяйной существует специальная процедура – регистрация права собственности через год за муниципальным образованием.
После регистрации права собственности горкомимущество МО вряд ли захочет отдать вам эту собственность «просто так»: скорее всего или выставит на торги, или опять же сдаст в аренду.
Поэтому просто дождитесь 15 летнего срока и после этого подавайте иск о признании права собственности в силу приобретательской давности.