Как быть в такой ситуации, упало дерево на машину, кто виноват в этом?

Виновато то муниципальное образование (район), на территории которого росло дерево. Муниципальное образование имеет статус юридического лица, поэтому к нему можно предъявить иск о возмещении ущерба.

Здравствуйте, Андрей!

Все зависит где и при каких обстоятельствах упало дерево. По существу ответственность несет лицо, бросившее в автомобиль дерево