Проблемы с переводом на упрощенную систему налогооблажения - ответственность налогового органа и способы решения

5 лет назад зарегистрировался как и.п., по общей системе налогооблажения. И практически сразу перевелся на упрощенку. Месяц назад из налоговой пришло письмо, с просьбой предоставить уведомление, в котором указано, что я переведен на УСН т.к. у них я числюсь на общей системе. Уведомление у меня утеряно, доказать ничего не могу. Но почему в течении 5 (!) лет у меня принимали отчетность некорректную? А теперь, за последние 3 года я обязан пересдать отчетность со всеми НДС, и так далее, плюс немалые штрафы. Подскажите пожалуйста, как быть в такой ситуации, и какую ответственность несет налоговый орган?