К кому мне обратится, если я предъявляю исковое заявление организации, а организация находится в другом городе?

Смотря по какому вопросу!

Если обращаетесь в соответствии с ГПК то месту нахождения организации, а если в соответствии с ФЗ О защите прав потребителей то месту своего жительства.