Как правильно действовать в этой ситуации (и с краном и с его постройками).
Из данных не ясно кто является собственником земли. Вообще существуют разные способы защиты: истребование имущества из чужого незаконного владения; устранение препятствий в пользовании имуществом. Данных мало и они хаотичны. Если кран принадлежал Вам, то просто необходимо выйти с иском о признании права собственности на него (если имеется спор) или истребовать его от недобросовестного лица. Если постройки самовольно возведённые, то выйти в Суд о о их сносе. Если мешает забор, то выйти в Суд об устранении препятствий в пользовании имуществом. Вообще такие вопросы следует задавать не в комплексе, а по частям, естественно описав всё ситуацию в целом. И наконец надо определить статус земельного участка (в чьей он собственности).
Какая разница он будет представлять ООО или другой человек. В любом случае Арбитражный Суд установит легитимность полномочий представителя. Главное получит на руки решение Суда. За неисполнение этого решения может возникнуть и уголовная ответственность. И кроме того, данный "А" и "ООО" разные субъекты, Вы в конце концов можете обратиться с двумя исками параллельно, один в суд общей юрисдикции, другой арбитраж. Если он действительно что то мутит, то Вы правды добьетесь. Всё равно я считаю, что Вам будет необходимо нанять юриста. Особенно в арбитраж. Главное это правильно выбрать способ защиты (их очень много). Есть особенность, что негаторные и виндикационные иски не сопрягаются