Здравствуйте.
Согласно ст. 279. ТК РФ, В случае прекращения трудового договора с руководителем организации в соответствии с пунктом 2 статьи 278 настоящего Кодекса при отсутствии виновных действий (бездействия) руководителя ему выплачивается компенсация в размере, определяемом трудовым договором, но не ниже трехкратного среднего месячного заработка, за исключением случаев, предусмотренных настоящим Кодексом.
(исключение указано в ст. 349.3 ТК РФ)
Следовательно, выплата компенсации и её размер должны определяться условиями трудового договора. Если в договоре указано условие о выплате компенсации, она выплачивается, но размер такой компенсации при её выплате, в силу закона, не может быть меньше трехкратного месячного заработка.