Вопрос - Как нотариально оформить частичный вклад денег от родителей в первоначальный взнос при покупке квартиры в ипотеку одним из собственников в гражданском браке?

Никак. Оформляйте в долевую собственность.

Коллега прав...как вариант заключить договор займа для заинтересованной стороны....

Договором целевого дарения (укажите на какие цели передаются деньги в дар). Непонятно для чего это дарение оформлять, если деньги дарят родители одному сожителю, а квартира приобретается в собственность другого (т.е. общим имуществом сожителей являться не будет). Покупайте квартиру сразу в долях.