Скажите пожалуйста как нам лучше поступить? Хочу выкупить долю квартиры у своей сестры, она не против. Как нам всё это оформить?

Проще подарить в данном случае. Если есть свидетельство о гос. регистрации ее доли в праве общей долевой собственности на квартиру. Или прямой договор купли-продажи..