Проблемы с налоговыми вычетами по НДС - ИП столкнулось с истечением срока исковой давности

ИП в 2010 г. отчитывался по ЕНВД (розничная торговля). В 2012 пришла налоговая проверка и выявила на ряду с розничной торговле оптовую, в связи с чем был насчитан НДС. В июле 2013 ИП восстановил учет и заявил налоговые вычеты по НДС, подав декларации с приложением всех документов. Налоговая вычеты как бы приняла, но сумму НДС в карточке расчетов на сумму вычетов не уменьшала. В ноябре в адрес инспекции нами написано письмо с просьбой уменьшить начисленную сумму НДС на заявленные вычеты. В январе от них приходит письмо с просьбой выслать им уточненные декларации, где заявлена только сумма налоговых вычетов (без реализации) т.к у них в базе двоится начисление налога. Мы подаем 14 января 2014 уточненные декларации и сегодня получаем ответ, что наши вычеты по НДС не приняты в связи с истечение срока исковой давности. Прошу помогите!