Примут ли в налоговой квитанцию об оплате госпошлины за регистрацию ООО с указанным адресом прописки, а не места регистрации ООО.

если заплатил заявитель, то примут. А так все от налоговой зависит

В квитанции должны быть данные заявителя (ФИО) и его адрес регистрации.