Как правильно указать в договоре целевого займа на покупку дома факт погашения части средств материнским капиталом, ожидаемым, но еще не полученным от ПФРФ

Если договор займа заключается в банке, то у них есть готовые проекты таких договоров. Если отсутствует пункт о погашении средствами от материнского капитала, то вы вносите дополнительный пункт, где так и запишете, как предполагаете расплачиваться "часть средств будет погашена перечислением из Пенсионного Фонда со счета такой-то открытого для получения материнского капитала"( это примерная формулировка), с учетом специфики Вашей ситуации может быть и иной оборот слов.

подобная ссылка в договоре возможна только если есть материнский сертификат. Если право наступило но не оформлено, то подобное будет недействительным.