У сотрудника закончилась регистрация.

Ничего, так как отсутствие временной регистрации не является препятстием как при приеме на работу, так и в продолжении работы Вашего сотрудника принятого без регистрации. Обязанность по регистрации по месту пребывания несет сам работник, а ответственность за отсутствие регистрации предусмотрена административным законодательством. Выявлением данных фактов и наложением взыскания занимается милиция. Юридические лица и их руководители не имеют к данным нарушениям, допущенных со стороны работников, никакого отношения.