Может ли работодатель наказывать работников склада без оформления за пересорт товара?

Трудовым законодательством такое дисциплинарное наказание не предусмотрено. Если между Вами и работодателем не заключен гражданский договор с указанием конкретных штрафов, то требование работодателя незаконно.