Может ли по договору перевозки грузов с организацией в качестве перевозчика выступать физическое лицо

Однозначно нет, поскольку первозка - это вид придпринимательской деятельности. Если физическое лицо систематически (т.е. 2 и более раза) занимается предпринимательской деятельностью без регистрации в качестве предпринимателя оно может быть привлечено к уголовной ответственности - статья 171 Уголовного кодекса РФ.

Имейте также ввиду, что перевозка пассажиров автомобильным транспортом требует лицензии, также как переозка грузов транспортом грузоподъемностью свыше 3,5 тонн (часть 1 статьи 17 Закона "О лицензировании отдельных видов деятельности"). За осуществление перевозок без лицензии - опять-таки возможно привлечение к уголовной ответственности по той же статье УК.

[С уважением, БЫСТРОВ Денис Владимирович]