Согласно статье 19.15 КоАП РФ проживание по месту жительства или по месту пребывания гражданина Российской Федерации без регистрации по месту пребывания или по месту жительства влечет наложение административного штрафа в размере от одной тысячи пятисот до двух тысяч пятисот рублей.
Постановление Правительства РФ от 17 июля 1995 г. N 713 "Об утверждении правил регистрации и снятия граждан Российской Федерации с регистрационного учета по месту пребывания и по месту жительства в пределах РФ и перечня должностных лиц, ответственных за регистрацию" дает срок на регистрацию по месту пребывания размером в 90 дней.
При составлении протокола об административном правонарушении милиции нужно доказать, что вы действительно проживали в квартире более 90 дней. Не подписывайте добровольно протокол.